Vous êtes beaucoup à reprocher le problème des flash back dans ce film mais je les trouve relativement bien placés personnellement. A vrai dire, il s'agit peut-être même d'une des meilleures solutions dans la mesure où l'on aurait évité l'éternelle : Krypton-enfance-metropolis-superman. Alors, certes, il pouvait y avoir d'autres solutions mais je trouve celle-ci plutôt intéressante.
Pour moi, le gros problème, ce sont les coupures des studios. J'aimerais bien trouver une version Director's Cut qui, à mon avis, est bien plus longue et intéressante que la version que nous avons actuellement. L'autre gros soucis, c'est Loïs Lane, sa place dans l'univers est vraiment mal travaillée et la plupart des scènes avec Clark Kent sont beaucoup trop culcul à mon goût.
Côté effets spéciaux, on a du lourd, c'est sûr et je rejoins ton avis @Angyo. Le seul soucis est peut-être la séquence de combat dans Smallville, on voit bien qu'Henry Cavill est fait en image de synthèse, un peu comme la séquence de Matrix 2 lorsque Neo affronte tous les agents Smith après avoir parlé à l'Oracle. Mais bon, rien que la beauté de la séquence sur Krypton me fait oublier ce petit défaut.
Je rejoins aussi tes craintes concernant l'alias Clark Kent en mode lunette. La différence est bien trop subtile pour être suffisamment efficace. Mais Clark Kent, c'est un journaliste dans une ville peuplée de millions d'habitants. Peu auront l'occasion de voir cet homme et peu auront la possibilité de voir Superman également donc sur le fond, ça devrait passer. Il faudra faire gaffe aux photos !